Wielu ekspertów z zakresu prawa patentowego nie zgadza się z ideą jednolitego patentu europejskiego. Członek rządowej Rady Informatyzacji Józef Halbersztadt twierdzi, iż Polska nie tylko nie powinna przystępować do jednolitego patentu europejskiego, ale również powinna go zaskarżyć, gdyż jest on sprzeczny z prawem Unii Europejskiej. Jego zdaniem w europejskim systemie patentowym, Europejski Urząd Patentowy (EPO) jest pozbawiony kontroli i nadzoru w swoim działaniu. W ramach Europejskiej Konwencji Patentowej, EPO stanowi agencję posiadającą odrębny budżet, a jej działanie jest skomercjalizowane. Najlepszym przykładem jest przeznaczanie nadwyżki budżetowej na premie oraz ewentualnie na inwestycje.
Halbersztadt zauważa również, iż Europejski Urząd Patentowy działa w odłączeniu od klasycznego systemu trójpodziału władzy, ze względu na brak kontroli wybieranej władzy politycznej oraz braku możliwości odwołań od decyzji administracyjnej do sądu. Na podobnej zasadzie działa centralny sąd patentowy, który zastępuje sądownictwo krajowe.
Takie działanie ukazuje wręcz naśladownictwo systemu patentowego Stanów Zjednoczonych, który został scentralizowany 30 lat temu i do dzisiaj wywołuje wiele niekorzystnych skutków, np: duży wzrost spraw sądowych oraz kosztów procesowych. Polska przystępując do jednolitego patentu europejskiego, musi liczyć się z napływem zagranicznych patentów, co z kolei może ograniczyć rodzime innowacje i wynalazki.
Pozostając przy obecnej regulacji systemu patentowego, w naszym kraju, ze względu na barierę językową zostanie ograniczona liczba napływających, zagranicznych patentów, dodatkowo polscy wynalazcy zachowają ułatwienia, chociażby ze względu na możliwość starania się o patent w państwach objętych porozumieniem.
W zaskarżeniu jednolitego patentu Polska nie byłaby sama, gdyż obecnie Trybunał Sprawiedliwości UE rozpatruje skargi Hiszpanii i Włoch. Dodatkowo kraje te nie przystąpią do jednolitego patentu europejskiego i Polska powinna pójść ich śladem.
KE twierdzi natomiast, iż jednolity patent europejski spowoduje znaczne obniżenie kosztów. Obecnie koszt uzyskania patentu europejskiego w 27 krajach Unii Europejskiej wynosi ponad 36 tysięcy euro, z kolei w ramach jednolitego patentu, taki koszt wyniesie ok. 6,5 tysięcy euro przez pierwsze 12 lat przejściowych, a później około 5 tysięcy.
FOR, czyli Forum Obywatelskiego Rozwoju w dniu 14 lutego 2013 roku zorganizowało debatę w sprawie jednolitego patentu.
Prof. Aurelia Nowicka z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, będąca ekspertem w zakresie prawa własności intelektualnej uważa, iż beneficjentami jednolitego patentu będą firmy i gospodarki państw lepiej rozwiniętych technologicznie. W wyniku tego ulegnie pogorszenie interesu krajów takich jak Polska, z mniejszym potencjałem innowacyjności oraz posiadającymi mniejsze środki m.in. na badania i rozwój. W rezultacie pozycja firm działających na takich rynkach ulegnie pogorszeniu, a to spowoduje brak równowagi pomiędzy państwami lepiej rozwiniętymi, a tymi z mniejszym potencjałem.
Członek Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Cywilnego, prof. Stanisław Sołtysiński zauważył, iż w Europie zdecydowana większość patentów przyznawana jest państwom spoza UE, a jednolity patent nie spowoduje poprawy takiego stanu, w rezultacie powodując pogorszenie interesów Europy.
Z kolei Katarzyna Urbańska z PKPP Lewiatan uważa, że jednolity patent europejski nie będzie korzystny dla wszystkich państw członkowskich. Korzyści uzyskają tylko niektóre państwa UE, a także chociażby USA i Japonia. Przykładowo podmioty w Polsce będą musiały ponosić wysokie koszty tłumaczenia dokumentów, gdyż składane wnioski oraz otrzymywane informacje będą w językach obcych. Urbańska podkreśla, iż jednolity patent skierowany jest głównie do dużych, bogatych i zaawansowanych podmiotów, gdyż to właśnie oni poradzą sobie w każdych warunkach.
Eksperci biorący udział w debacie podsumowali jednolity patent europejski tym, iż skorzystają na nim tylko duże podmioty, które w nowym systemie będą faworyzowane. Małe i średnie przedsiębiorstwa (właśnie takie przeważają w Polsce) nie będą chętnie korzystać z jednolitego patentu, gdyż zostaną znacznie obciążone w tym względzie. Zamiast zachęcić i poprawić ich sytuację jednolity patent zadziała na ich niekorzyść, gdyż zostaną wyprzedzone przez większe korporacje.
Spór o jednolity patent trwa blisko 30 lat. W grudniu 2012 r. zostały przyjęte przez Parlament Europejski oraz Radę Unii Europejskiej rozporządzenia w tej sprawie . Jednak to nie przesądza o wprowadzeniu systemu, wymagana jest jeszcze ratyfikacja umowy międzynarodowej w sprawie jednolitego patentu. Sprzeciwy zgłosiły już Hiszpania i Włochy. Również Polska jeszcze w grudniu 2012 zgłosiła zastrzeżenia w tej sprawie. Umowa o jednolitym patencie wejdzie w życie, jeżeli zostanie ratyfikowana przez minimum 13 państw członkowskich, w tym Francję, Niemcy, Wielką Brytanię, czyli kraje posiadające najwięcej europejskich patentów.
Warto wspomnieć, iż ostatnio firma Deloitte przeprowadziła ekspertyzę, wg której w przypadku przyjęcia przez Polskę jednolitego patentu koszty spraw sądowych, zakupu licencji oraz innych czynności związanych z patentami wzrosłyby w ciągu 20 lat o 53 miliardy złotych. Przez kolejną dekadę koszty sięgnęłyby w sumie ok. 79,4 miliarda złotych. Wszystko za sprawą przyjęcia powyższego systemu patentowego.