Kwestia ta budzi kontrowersje. Fiskus nie zgadza się bowiem na przyznanie prawa do amortyzacji oznaczeniom, które najpierw zostały wniesione do przedsiębiorstwa, a dopiero potem zarejestrowane. Niektórzy przedsiębiorcy traktują jednak znaki towarowe jako przedmioty prawa autorskiego, co umożliwia uznanie ich amortyzacji. Jest to jednak ryzykowna praktyka. Dotyczy ona w szczególności znaków towarowych wnoszonych aportem z jednej firmy do drugiej, która po uzyskaniu rejestracji próbuje zamortyzować znak, aby obniżyć podatek.

Katalog wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji znajduje się w ustawie o CIT. Są tam również opisane prawa własności intelektualnej, takie jak prawa autorskie i pokrewne prawa majątkowe, prawa określone w ustawie – Prawo własności przemysłowej, czy licencje na takie prawa. Zapisy ustawy są jednak dość niejasne, a kwestie podatkowe są zazwyczaj weryfikowane przez fiskusa. Ten nie uznaje zaś za zdatne do zamortyzowania nawet zarejestrowanych znaków towarowych. Jego zdaniem, w takiej sytuacji podatnik otrzymuje aportem tylko prawo do uzyskania prawa ochronnego, a gdy Urząd Patentowy wyda decyzję o rejestracji, stanie się ono wytworzoną, a nie nabytą wartością niematerialną i prawną, w związku z czym nie można objąć jej ulgą.

Takie twierdzenia można znaleźć w interpretacjach podatkowych oraz decyzjach niektórych sądów. Co prawda, istnieją jednak niezgodne z przeważającym nurtem wyroki twierdzące, że prawo ochronne na znak towarowy może podlegać amortyzacji, jednak, jak wiadomo, nie są one prawnie wiążące inne podmioty niż te, których bezpośrednio dotyczą.

Tak więc, chociaż znane powiedzenie głosi, że pewne na świecie są tylko śmierć i podatki, to już interpretacja prawa podatkowego oraz wyroki sądów w jej sprawie takie pewne już nie są. W kwestii amortyzacji znaków towarowych przedsiębiorcom pozostaje więc ubieganie się o interpretacje podatkową lub zaufanie własnej żyłce hazardu.